Marcela Kloosterboer es hija de Claudia, una psicóloga y Peter, un corredor de finanzas. Tiene un hermano mayor llamado Tomás.
Es defensora de los derechos de los animales, siendo miembro activo de organizaciones tales como PETA y AnimaNaturalis. Es vegetariana desde los ocho años.
Desde 2009 es madrina del Hogar canino Arca de Noé de Coronel Pringles, entidad en la que colabora activamente.
A fines de 2014, se casó con el ex-jugador de rugby Fernando Sieling. En julio de 2015, se dio a conocer que el matrimonio estaba esperando su primer hijo. El 22 de marzo de 2016, la actriz dio a luz a Juana en el Sanatorio de la Trinidad de Palermo de la ciudad de Buenos Aires. El 29 de mayo de 2019, nació su segundo hijo al que llamó Otto.
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