Ignora-se a data de fundação da confraria na cidade. Todavia, considerando que Silves era sede de bispado, que tinha integrado em 1491 o património da Casa da Rainha D. Leonor e que D. João II cedera a alfândega para nela se instalar o hospital e a igreja do Espírito Santo, embrião de futuras Misericórdias, tudo indicia que a confraria tenha sido instituída em 1498, ou eventualmente no ano seguinte. No Algarve desconhece-se a cronologia de fundação destas irmandades.

A primeira referência conhecida remonta a 1529, data em que a confraria ainda não dispunha de igreja própria, somente uma capela na Sé, onde se reuniam os irmãos. Quarenta e cinco anos depois recebia a mesma a jurisdição do hospital de Silves, por alvará de D. Sebastião, datado de 05 junho de 1574. A irmandade tinha, então, parcos rendimentos que não lhe permitiam cumprir as obras da misericórdia e tal justificou a anexação do hospital, bem como de todos os seus bens, ofertas e heranças, que ficavam, agora, sobre sua gestão.

Localizada em espaço nobre da urbe silvense, fronteira à Sé, a igreja da Misericórdia apresenta, arquitetonicamente, vestígios dos formulários manuelino (mais antigo) e maneirista. Do primeiro evidencia-se o pórtico lateral nascente, em calcário, hoje sobrelevado relativamente à rua. Segundo Manuel Ramos, trata-se de uma obra da década de 20 do século XVI, constituindo um bom exemplo da apelidada “escola” naturalista do barlavento algarvio. De acordo com aquele autor, abre-se por um arco de múltiplos centros coroado por um cogulho ou pinha, com a inscrição “Casa da Misericórdia”. Apresenta ombreiras e verga preciosamente lavradas por troncos nodosos e farta folhagem. No sítio dos pendentes, já desaparecidos, duas máscaras participam neste hino panteísta à natureza, saindo-lhes da boca grossas hastes vegetais. Nos capitéis dos colunelos que formam a lisa moldura exterior, são visíveis cabecinhas exóticas enlaçadas por cordas.

Quanto ao maneirismo evidencia-se, como notou Vítor Serrão, no portal axial, em cantaria de mármore, ladeado por meias-colunas clássicas sobre altos plintos almofadados que sustentam o entablamento e o frontão triangular.

O interior do templo segue a tipologia mais comum nas igrejas da Santa Casa, isto é, nave única, cobertura de abóbada de berço, tribuna de mesários colocada à direita e destaque ao corpo elevado do presbitério, onde se ergue acima da cripta dos fundadores e benfeitores, o retábulo-mor. A tribuna encerra ainda uma particularidade, o acesso único a partir da sacristia. A abóbada, assente sobre cornija, encontra-se secionada por cinco nervuras paralelas, arrancando de mísulas diferentemente decoradas.

A casa do despacho, isto é, a sala onde se reuniam o provedor e os irmãos para a tomada de decisões sobre a irmandade, localiza-se em eixo, por detrás da capela –mor e da sacristia. Contíguo ao templo encontrava-se o hospital, provavelmente atingível, a partir da porta lateral, à esquerda do presbitério.

Executado em talha e pintura durante o segundo quartel do século XVII o retábulo epimaneirista, constitui juntamente com o portal manuelino, o ex-libris da igreja. Com aproximadamente 6m de largura por 9m de comprimento é constituído por uma estrutura ornamentada em madeira (de pinho, os painéis e de castanho, as colunas), numa disposição em “serliana”. De autor desconhecido, as pinturas datam de entre 1630-1640 e representam as Sete Obras Corporais de Misericórdia. Na sua base esteve, segundo Vítor Serrão, o Juízo Final e as Seis Obras de Misericórdia, um grupo de estampas, editadas em Leiden, em 1552, da autoria de Dirck Volkertsz, de epíteto Coornhert. Nórdico e figura multifacetada, poeta, escritor, filósofo, humanista, pintor e gravador, nasceu em Amesterdão, em 1522, vindo a falecer em Gouda, em 1590. Ligado a círculos protestantes, o seu papel foi muito importante na história do maneirismo nórdico e da arte europeia do século XVI. As semelhanças com a série de tábuas de Silves são visíveis, em quadros como o Vestir os Nus, o Enterrar os Mortos, o Visitar os Enfermos ou o Resgatar os Cativos. Ainda que com ligeiras simplificações ou mesmo alterações, caso das figuras desnudas que em Silves surgem pudicamente cobertas, a este decoro não seriam alheias as prescrições contrarreformistas. Como notou Vítor Serrão é curiosa a utilização de gravuras de Coornhert, num país ultra católico como era o Portugal de Seiscentos. Todavia, o caso de Silves não é único e serviu de exemplo, tal como as estampas, para o tavirense João Rodrigues Andino, por volta de 1677, pintar, com maior talento e criatividade, é certo, o retábulo na Misericórdia de Faro.

Em 1727-1728 a confraria despendeu com obras no retábulo 55.200 réis, altura em que terá sido rasgada a nova tribuna barroca, ao centro, enquadrando uma humilde tela da Visitação da Virgem (com aproximadamente 2,5m de largura por 4m de altura). Esta intervenção levou a uma alteração substancial da primitiva estrutura, com a remontagem das tábuas, as ilhargas deslocadas para os lados, enquanto os painéis, enquadrados por colunas estriadas de capitéis jónicos, localizados ao centro, foram transferidos para o remate, ocupando o oitavo - o passo do Calvário -, o espaço da cimalha.

O redouramento do retábulo integrou ainda a pintura de fruteiros e pendentes na decoração do arco, rematado com o escudo e a coroa reais de D. João V, que emoldura a tela central, bem como a pintura e estofo do frontal, imitando um tecido nobre, com elementos fitomórficos estilizados. Posteriormente foi introduzida a pintura mural, com motivos de brutesco, lambrequins, sanefas fingidas, enrolamentos acânticos, bem como decoradas as molduras entalhadas, com pinturas de cartelas rococó, campanha que datará, muito possivelmente, de 1786-1788.

Apesar de perdidas, quer a lógica narrativa, quer o equilíbrio formal, além de outras intervenções menos invasivas no século XIX, a campanha seiscentista marca o retábulo dos nossos dias.

A Misericórdia conserva 8 bandeiras processionais, que correspondem a um total de 16 telas, cujo autor se ignora. De entre elas relevo para as telas de Nossa Senhora da Misericórdia (anverso) e de Nossa Senhora da Piedade (reverso) – que constituía a antiga bandeira real seiscentista. Com menos qualidade plástica destaca-se uma outra bandeira real, mais recente que a anterior. As restantes formavam uma única série de Bandeiras da Paixão, pintadas no fim do século XVII. Os modelos seguidos na sua conceção foram as gravuras de Jerónimo e Antón Wierix, uma obra editada em Antuérpia, em 1593, para as cenas da Paixão, enquanto para os anjos uma série de estampas francesas, da Arma Christi abertas a buril por Élie Dubois, no princípio do século XVII.

Para Vitor Serrão a visita à coleção de tábuas e telas da Misericórdia impõe-se não tanto pela qualidade plástica das obras, de bitola bem secundária, mas sobretudo pelo que nelas se explicita sobre os gostos, os medos, os traumas e os anseios de uma sociedade provincial, em tempos de Contra-Reforma e de União Ibérica repressiva. Relevo ainda para o tema iconográfico em si, pouco frequente, senão raro nos programas pictóricos das misericórdias portuguesas.

Com o liberalismo passam a decorrer na igreja da Misericórdia as assembleias eleitorais, seja para a Junta de Paróquia, para a Câmara Municipal ou para as Cortes. Por sua vez, a República laica vai dessacralizar as Misericórdias e em Silves, a Mesa Administrativa, em sessão de 14 de fevereiro de 1912 ofereceu a igreja ao Círculo Escolar local, para nela ser instalada uma escola de instrução primária. Motivos económicos impediriam a concretização do objetivo. É provável que o templo tenha perdido a partir de então as funções cultuais.

Em 1958 estava transformado em arrecadação. O jornal católico “Novidades”, na edição de 04 de maio de 1958 inseriu uma longa reportagem, denunciando “o estado de ruina e abandono” a que tinha sido votada a Misericórdia de Silves, num texto assinado pelas iniciais G. D., muito provavelmente o silvense Garcia Domingues. A notícia despertou a atenção do Ministério das Obras Públicas/ Direcção Geral de Edifícios e Monumentos Nacionais (DGEMN), de forma a que, um mês depois, era iniciado o procedimento de classificação. Concluído em 05 de dezembro de 1961, a igreja da Misericórdia de Silves é, através do Decreto n.º 44075, categorizada como Imóvel de Interesse Público. Em simultâneo foram levadas a efeito um vasto conjunto de obras no edifício.

Nos derradeiros anos do século XX as pinturas, quer do retábulo, quer das bandeiras foram finalmente restauradas. Em 2000, mediante Protocolo celebrado entre a Santa Casa da Misericórdia e a Câmara Municipal de Silves, ficou o espaço aberto à fruição pública.