Ao longo dos últimos séculos, os Jardins Botânicos no mundo inteiro desempenharam funções de importância estratégica, sobretudo no que concerne à aclimatação das espécies de flora para a sua utilização na agricultura e ornamentação. Outro dos objetivos destes espaços no passado recente, prendia-se com a divulgação da biodiversidade do planeta junto das populações. O Jardim Botânico do Faial, fundado a 18 de junho de 1986, é o mais antigo centro ambiental dos Açores, e quando abriu as suas portas ao público, tinha uma área de cerca de 5.600m2 e o principal objetivo de reunir uma coleção de plantas da macaronésia que servissem de base para a conservação e promoção dessa importante biodiversidade. Podemos dizer, que a estratégia deste jardim na conservação da flora da macaronésia foi um passo visionário.

Em 1995, o Jardim Botânico deu outro passo para a conservação da flora dos Açores, através da reabilitação de uma zona de 60.000 m², localizada na freguesia de Pedro Miguel, a 400 m de altitude. Este foi o primeiro projeto de recuperação de um habitat natural nos Açores. Nesta área procedeu-se à recuperação de habitats e espécies características da Laurissilva húmida e super-húmida, possuindo, para além do importante papel de conservação, também um elevado valor paisagístico.

Em 2003 deu-se um novo passo evolutivo na estratégia de conservação ex-situ no arquipélago, com a criação do Banco de Sementes dos Açores, cuja finalidade é a recolha e a manutenção de uma coleção de sementes viáveis de todas as espécies Açorianas que sejam possíveis conservar em banco de sementes convencional, garantindo, desta forma o estabelecido no diploma da Estratégia Global para a Conservação das Plantas 2011-2020, definido em 2010 na X Conferência das Partes para a Convenção sobre a Diversidade Biológica, realizada em Nagoia. Como referido na meta 8 da respetiva Estratégia, o objetivo aponta para a conservação de: “Pelo menos 75% das espécies ameaçadas em coleções ex situ, preferencialmente no país de origem, e de pelo menos 20% disponíveis para programas de recuperação e restauro.” O Banco de Sementes dos Açores, foi selecionado, pela BGCI - Botanic Gardens Conservation International, como um dos casos de estudo sobre conservação de sementes raras num desafio internacional lançado por esta instituição, o Global Seed Conservation Challenge, no ano de 2015.

Em 2007 foi inaugurado o novo centro de visitantes do Jardim Botânico do Faial, estrutura que possui um auditório, uma sala de exposições, uma biblioteca, um bar e onde foi instalado o herbário Ilídio Botelho Gonçalves, estrutura fundamental para a investigação botânica.

No ano de 2011, o Jardim Botânico do Faial é alvo de nova renovação e ampliado em cerca de 2400 m2, com o grande objetivo de melhorar a sua coleção de plantas naturais, através da recriação de sete tipos diferentes de habitats característicos desta região: habitats de calhau rolado, charnecas macaronésicas, habitats de dunas e areias, uma feteira, uma zona de média altitude, uma zona húmida e de turfeira e ainda uma zona com vegetação de altitude, onde dominam essencialmente espécies herbáceas. Com esta ampliação, o Jardim Botânico recebeu no ano de 2012, uma menção honrosa na categoria de “Requalificação de Projeto Público”, atribuída pelo Turismo de Portugal.

Em 2019 o Jardim Botânico é novamente ampliado, passando a ter 15.000m2 (1,5 ha), permitindo ter uma maior área de conservação de espécies e habitats endémicos, com especial foco nos habitats de zonas húmidas. Foi também criada uma zona de culturas tradicionais dos Açores, fez-se a instalação de uma estufa com 900m2, preparada para receber a coleção de orquídeas do sr. Henrique Peixoto, que estava exposta no Jardim Botânico desde 2010, e parte da coleção de orquídeas da família Pekka Ranta. A atual coleção do Orquidário dos Açores é composta por 5.000 orquídeas, com 320 espécies ou híbridos, e 51 géneros, incluindo, como não poderia deixar de ser, as espécies açorianas, com destaque para a orquídea mais rara da europa. Neste projeto também se procedeu à reconversão de um edifício existente, de modo a aumentar as instalações do Banco de Sementes dos Açores, permitindo uma maior e mais eficiente capacidade de conservação.

João Melo