A sua fundação remonta a 1242, integrando-se na corrente “mendicante”, visível na amplitude do espaço, vãos altos assentes em pilares finos e ornamentação escultórica rara e sóbria. O edifício possui na sua estrutura sinais marcantes das várias épocas, do gótico ao barroco, passando pelo manuelino e renascença. Do período inicial restam boa parte da volumetria e os elementos estruturais mais importantes. Ao longo dos séculos o mosteiro foi sucessivamente alterado por novas campanhas artísticas, como no claustro, na transformação radical do cruzeiro e em diversas capelas do interior da igreja, das quais restam elementos decorativos de grande qualidade, como o arco renascentista da Capela de Santa Ana ou a traça maneirista da Capela das Almas, panteão dos Meneses e obra do arquiteto Pedro Nunes Tinoco. Na nave central, encontra-se o coro alto, patrocinado pelo rei D. Fernando para albergar o seu próprio túmulo e o de sua mãe, D. Constança (séc. XIV). Esta estrutura é marcada por um exuberante programa decorativo que contrasta com a simplicidade do resto da igreja gótica.