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Français : Différences entre codons dues à la séquence des gènes: diagramme dif-difac.

Pour une même bactérie la différence suivante (dif), en %, entre 2 codons synonymes (ttt et ttc par exemple ne différant que par la 3ème base):

[nombre de codons de ttt − nombre de codons ttc] du lot Dna     −
[nombre de codons de ttt − nombre de codons tc] du lot Prot             (dif)

ne met en cause que l'interaction entre les bases dans les séquences des gènes de ces 2 lots puisque les actions protéiques du cytoplasme sont identiques et la sélection naturelle ne distingue les 2 synonymes que dans l'ADN.

L'étude est étendue aux codons non synonymes ne différant que par la 3ème base. Le diagramme représente la distribution de chaque couple de 3ème base pour les 16 doublets. Le nombre de codons est un nombre entier issu du total compté pour chaque bactérie.
La courbe de tendance (en bleu) est un polynôme de degré 48 donnant pour tous les diagrammes un coéfficient de régression R2 optimal.
(difS), en rouge, représente les différences (dif), en bleu, statistiquement différentes de zéro. L'erreur pour chaque lot , un seul terme de (dif) est calculée d'après la loi binomiale sur la somme des 2 codons. N'ont été retenues que les bactéries ayant les 2 erreurs inférieures à 89% ( somme des 2 codons supérieure à 5 pour tenir compte des codons Stop). Le modèle de calcul pour tableur se trouve dans le tableau numérique et les différences à 2 décimales sont répertoriées dans les tableaux pour les calculs de la ( moyenne et de l'écart type ). La distribution pour chaque couple se trouve dans tableaux pour diagrammes dif-difxz.
Le nombre de codons des DRNA (ici Dna) est celui d'un lot moyen de 6 555 acides aminés des mêmes 6 enzymes intervenant dans la synthèse des ARN et ADN: dnaE, polA, rpoB, rpoC, EC 6.1.1.4 et EC 6.1.1.5. Le nombre de codons des PDNA (ici Prot)est celui d'un lot moyen de 6 391 acides aminés d' enzymes intervenant dans le métabolisme central à petits substrats. Les noms des bactéries en 3 ou 4 lettres sont ceux de la base de données KEGG. La séquence du gène de la protéine est celle de KEGG obtenue avec le code orthologique de KEGG KO.
Pour les codes KO et pour plus de détails voir l'article " Corrélations entre les codons dans les gènes de protéines", au chapitre Corrélation entre les différences "dna-prot" de 2 codons
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Source Own work
Author Mekkiwik

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17:34, 10 February 2017Thumbnail for version as of 17:34, 10 February 2017756 × 425 (61 KB)Mekkiwik (talk | contribs){{Information |Description ={{fr|1='''Différences entre codons dues à la séquence des gènes: diagramme dif-diftc'''.<br /> Pour une même bactérie la différence suivante ('''dif'''), en %, entre 2 codons synonymes (ttt et ttc par exemple ne di...

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