A Igreja de Santa Maria da Alcáçova foi fundada em 1154, sete anos depois da conquista de Santarém aos Mouros. De acordo com o plano da construção das Igrejas de então, obedeceu a uma orientação Nascente-Poente, ficando o seu adro a Poente, não se sabendo ao certo se junto da actual pia baptismal, se encostado a Norte do claustro. Coube aos cavaleiros templários, senhores do eclesiástico de Santarém, a construção da Igreja da Alcáçova, da invocação de Santa Maria, numa tentativa de sagração do território da fortaleza ou cidadela de Santarém. Em 1192 a Igreja de Alcáçova era já colegiada, à qual D. Sancho I fez a repartição das rendas pelos seus 20 cónegos. Nos meados do século XIII passa a assumir funções de Capela Real, estatuto que manteve até 1834. Na Idade Média aí se manteve uma escola, que perpetuou as suas funções até ao século XVIII. No seu interior vivia também uma comunidade de Clérigos Pobres. Os seus priores e cónegos salientaram-se no mundo da teologia, do direito, da música e das letras, alcançando muitos a notoriedade.