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File:Kevaan 2020 koronavirus aalto Suomessa - simulaatio - paivittaiset tapaukset - 1.svg

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Captions

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Covid19 wave in Finland, simulation, daily cases

Summary

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Description
Suomi: Oletettuihin R0-arvoihin perustuva simulaatio kevään koronavirusaallosta. Yksinkertainen simulaatio laskee R0 arvon ja aallon nousuajan pohjalta päivittäiset tapausmäärät. R0 on nousajan R0, Rt laskuajan R0.
English: Simple R0- and rising time of Covid wave based simulation of covid-19 Vawe in finland. R0, Rt ajd rising time numbers are "ad hoc" like assumptions only.
Date
Source Own work
Author Merikanto


Python code to produce simulated covod-19 epidemy curves, based on very coarse assumptions of R0 and time to reach peak of epidemy.


    2. covid 19 finland epidemy R0 and time to peak simu test
  3. alpha draft edition r 0001

import math as math import numpy as np import scipy as sp import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd


    1. very basic exponential r0 calculation

def calculate_r0(time1, time2, val1, val2): k=0 td=time2-time1 gr0=math.log(val2/val1) gr=gr0/td if(gr!=0): td= math.log(2.0)/gr else: return(1)

tau=5.0

k=math.log(2.0)/td


r0=math.exp(k*tau) if(r0==32): r0=1

if(r0>32): r0=4

return(r0)


  1. exp(gr0)=val2/val1


dfin = pd.read_csv('kases1.csv', sep=';')

tapaukset00=dfin["Confirmed"]

tapaukset=np.array(tapaukset00)

len1=len(tapaukset)

dailycases00= [0] * len1

for n in range(1,(len1-1)): dailycases00[n]=tapaukset[n]-tapaukset[n-1] if (dailycases00[n]<0): dailycases00[n]=0

paivittaiset_tapaukset=np.array(dailycases00)


print (tapaukset)

  1. quit(0)


maara=160

tap=tapaukset[0:maara] ptap=paivittaiset_tapaukset[0:maara]


  1. quit(0)


x=np.linspace(0,maara,maara) y=np.linspace(0,maara,maara) dy=np.linspace(0,maara,maara) cy=np.linspace(0,maara,maara) ppy=np.linspace(0,maara,maara) pky=np.linspace(0,maara,maara) psy=np.linspace(0,maara,maara) pty=np.linspace(0,maara,maara) py=np.linspace(0,maara,maara) ky=np.linspace(0,maara,maara) sy=np.linspace(0,maara,maara) ty=np.linspace(0,maara,maara) ssy=np.linspace(0,maara,maara) tty=np.linspace(0,maara,maara)

for n in range(0, maara): ssy[n]=0 sy[n]=0 psy[n]=0 ky[n]=0 pky[n]=0 tty[n]=0 ty[n]=0 pty[n]=0


  1. tapauksia=1
  2. huippuaika=40
  3. ro=2.0
  4. laskuro=0.8

tapauksia=1 huippuaika=40 ro=2.0 laskuro=0.8

tau=5.0


for n in range(0, maara): dndt=tapauksia*(math.log(ro)/tau) tapauksia=tapauksia+dndt #print(n,int(tapauksia), int(dndt), ro) if(n>huippuaika): ro=laskuro dy[n]=dndt y[n]=tapauksia cy[n]=tapauksia if (n>9): cy[n]=cy[n-1]+tapauksia pky[n]=0 ky[n]=0 # kuolemat, 14 pv kuluttua if (n>21): pky[n]=y[n-21]*0.045 ky[n]=ky[n-1]+pky[n] # parantuneet tai pitkäaikainen korona, 14 pv kuluttua if (n>14): ppy[n]=y[n-14]*(1-0.045) py[n]=py[n-1]+ppy[n] # sairaalaan if (n>5): ssisaan=y[n-5]*0.06 psy[n]=ssisaan ## sinä päivänä sairaalaan joutuneet sy[n]=sy[n-1]+ssisaan ## koko jakson aikanaa sairaalaan joutuneet ssy[n]=ssy[n-1]+ssisaan ## sairaalassa # sairaalasta if (n>35): sulos=psy[n-35] #kuolleet=y[n-14]*(1-0.045) ssy[n]=ssy[n]-sulos ## sairaalassa if (ssy[n]<0): ssy[n]=0 # teholle if (n>7): tsisaan=y[n-7]*0.019 pty[n]=tsisaan ## sinä päivänä teholle joutuneet ty[n]=ty[n-1]+tsisaan ## koko jakson aikana tehollejoutuneet tty[n]=tty[n-1]+tsisaan ## teholla # teholta if (n>35): tulos=pty[n-35] #kuolleet=y[n-14]*(1-0.045) tty[n]=tty[n]-tulos ## teholle if (tty[n]<0): tty[n]=0


laapeli1="Simulaatio, oletukset: \n Nousuaika "+str(huippuaika)+" päivää \n Alussa R0="+str("2.0")+ "\n Huipun jälkeen Rt="+str(laskuro)


  1. plt.plot(x,dy)
  2. plt.plot(x,y)

plt.title("Kevään 2020 koronavirusaallon simulaatio", fontsize=20) plt.xlabel("Päivää 1. tapauksesta", fontsize=16) plt.ylabel("Lukumäärä", fontsize=16) plt.xticks(fontsize=15 ) plt.yticks(fontsize=15 )


  1. plt.plot(x,cy, 'g--',label=laapeli1)
  2. plt.plot(x,tap, 'r', label="Kaikki tapaukset")

plt.plot(x,ptap, 'r', label="Päivittäiset tapaukset") plt.plot(x,y, 'g',linewidth=4, label=laapeli1)


  1. plt.plot(x,pky, 'r', label="Päivittäiset kuolemat")
  2. plt.plot(x,ky, 'r', label="Kuolemat")
  3. plt.plot(x,ppy, 'r', label="Ei-kuolleet")
  1. plt.plot(x,py, 'r', label="Ei-kuolleet: panatunut tai pitkäaikaine korona")
  1. plt.plot(x,ssy, 'r', label="Sairaalassa olijat")
    1. plt.plot(x,psy, 'r', label="Sairaalaan tulijat")
  2. plt.plot(x,sy, 'r', label="Sairaalaan joutuneet")
  1. plt.plot(x,tty, 'r', label="Teholla olijat")
  2. plt.plot(x,pty, 'r', label="Teholle tulijat")
  3. plt.plot(x,ty, 'r', label="Teholle joutuneet")



  1. plt.plot(x,ptap, '#7f0000', linewidth=1.5, label="Päivittäiset tapaukset")
  1. plt.plot(x,y, 'g',linewidth=4, label=laapeli1)


plt.legend(fontsize=14) plt.show()






Data IDX;Date;Confirmed;Recovered;Deaths 6641;2020-02-26;2;1;0 6829;2020-02-27;2;1;0 7017;2020-02-28;2;1;0 7205;2020-02-29;3;1;0 7393;2020-03-01;6;1;0 7581;2020-03-02;6;1;0 7769;2020-03-03;6;1;0 7957;2020-03-04;6;1;0 8145;2020-03-05;12;1;0 8333;2020-03-06;15;1;0 8521;2020-03-07;15;1;0 8709;2020-03-08;23;1;0 8897;2020-03-09;30;1;0 9085;2020-03-10;40;1;0 9273;2020-03-11;59;1;0 9461;2020-03-12;59;1;0 9649;2020-03-13;155;1;0 9837;2020-03-14;225;1;0 10025;2020-03-15;244;10;0 10213;2020-03-16;277;10;0 10401;2020-03-17;321;10;0 10589;2020-03-18;336;10;0 10777;2020-03-19;400;10;0 10965;2020-03-20;450;10;0 11153;2020-03-21;523;10;1 11341;2020-03-22;626;10;1 11529;2020-03-23;700;10;1 11717;2020-03-24;792;10;1 11905;2020-03-25;880;10;3 12093;2020-03-26;958;10;5 12281;2020-03-27;1041;10;7 12469;2020-03-28;1167;10;9 12657;2020-03-29;1240;10;11 12845;2020-03-30;1352;10;13 13033;2020-03-31;1418;10;17 13221;2020-04-01;1446;10;17 13409;2020-04-02;1518;300;19 13597;2020-04-03;1615;300;20 13785;2020-04-04;1882;300;25 13973;2020-04-05;1927;300;28 14161;2020-04-06;2176;300;27 14349;2020-04-07;2308;300;34 14537;2020-04-08;2487;300;40 14725;2020-04-09;2605;300;42 14913;2020-04-10;2769;300;48 15101;2020-04-11;2905;300;49 15289;2020-04-12;2974;300;56 15477;2020-04-13;3064;300;59 15665;2020-04-14;3161;300;64 15853;2020-04-15;3237;300;72 16041;2020-04-16;3369;1700;75 16229;2020-04-17;3489;1700;82 16417;2020-04-18;3681;1700;90 16605;2020-04-19;3783;1700;94 16793;2020-04-20;3868;2000;98 16981;2020-04-21;4014;2000;141 17169;2020-04-22;4129;2000;149 17357;2020-04-23;4284;2000;172 17545;2020-04-24;4395;2500;177 17733;2020-04-25;4475;2500;186 17921;2020-04-26;4576;2500;190 18109;2020-04-27;4695;2500;193 18297;2020-04-28;4740;2800;199 18485;2020-04-29;4906;2800;206 18673;2020-04-30;4995;3000;211 18861;2020-05-01;5051;3000;218 19049;2020-05-02;5176;3000;220 19237;2020-05-03;5254;3000;230 19425;2020-05-04;5327;3500;240 19613;2020-05-05;5412;3500;246 19801;2020-05-06;5573;3500;252 19989;2020-05-07;5673;3500;255 20177;2020-05-08;5738;4000;260 20365;2020-05-09;5880;4000;265 20553;2020-05-10;5962;4000;267 20741;2020-05-11;5984;4000;271 20929;2020-05-12;6003;4300;275 21117;2020-05-13;6054;4300;284 21305;2020-05-14;6145;4300;287 21493;2020-05-15;6228;5000;293 21681;2020-05-16;6286;5000;297 21869;2020-05-17;6347;5000;298 22057;2020-05-18;6380;5000;300 22245;2020-05-19;6399;5000;301 22433;2020-05-20;6443;4800;304 22621;2020-05-21;6493;4800;306 22809;2020-05-22;6537;4800;306 22997;2020-05-23;6568;4800;306 23185;2020-05-24;6579;4800;307 23373;2020-05-25;6599;5100;308 23561;2020-05-26;6628;5100;312 23749;2020-05-27;6692;5100;313 23937;2020-05-28;6743;5500;313 24125;2020-05-29;6776;5500;314 24313;2020-05-30;6826;5500;316 24501;2020-05-31;6859;5500;320 24689;2020-06-01;6885;5500;318 24877;2020-06-02;6887;5500;320 25065;2020-06-03;6911;5500;321 25253;2020-06-04;6911;5800;322 25441;2020-06-05;6941;5800;322 25629;2020-06-06;6964;5800;322 25817;2020-06-07;6981;5800;323 26005;2020-06-08;7001;5800;323 26193;2020-06-09;7025;5800;324 26381;2020-06-10;7040;5800;324 26569;2020-06-11;7064;6200;325 26757;2020-06-12;7073;6200;325 26945;2020-06-13;7087;6200;325 27133;2020-06-14;7104;6200;326 27321;2020-06-15;7108;6200;326 27509;2020-06-16;7112;6200;326 27697;2020-06-17;7117;6200;326 27885;2020-06-18;7119;6200;326 28073;2020-06-19;7133;6200;326 28261;2020-06-20;7142;6200;326 28449;2020-06-21;7143;6200;326 28637;2020-06-22;7144;6400;327 28825;2020-06-23;7155;6400;327 29013;2020-06-24;7167;6600;327 29201;2020-06-25;7172;6600;327 29389;2020-06-26;7191;6600;328 29577;2020-06-27;7198;6600;328 29765;2020-06-28;7198;6600;328 29953;2020-06-29;7209;6600;328 30141;2020-06-30;7214;6600;328 30329;2020-07-01;7236;6700;328 30517;2020-07-02;7241;6700;328 30705;2020-07-03;7242;6700;329 30893;2020-07-04;7248;6700;329 31081;2020-07-05;7253;6700;329 31269;2020-07-06;7257;6700;329 31457;2020-07-07;7262;6700;329 31645;2020-07-08;7265;6800;329 31833;2020-07-09;7273;6800;329 32021;2020-07-10;7279;6800;329 32209;2020-07-11;7291;6800;329 32397;2020-07-12;7294;6800;329 32585;2020-07-13;7295;6800;329 32773;2020-07-14;7301;6800;329 32961;2020-07-15;7296;6880;328 33149;2020-07-16;7293;6880;328 33337;2020-07-17;7301;6880;328 33525;2020-07-18;7318;6880;328 33713;2020-07-19;7335;6880;328 33901;2020-07-20;7340;6880;328 34089;2020-07-21;7351;6880;328 34277;2020-07-22;7362;6920;328 34465;2020-07-23;7372;6920;328 34653;2020-07-24;7380;6920;329 34841;2020-07-25;7388;6920;329 35029;2020-07-26;7393;6920;329 35217;2020-07-27;7398;6920;329 35405;2020-07-28;7404;6920;329 35593;2020-07-29;7414;6950;329 35781;2020-07-30;7423;6950;329 35969;2020-07-31;7432;6950;329 36157;2020-08-01;7443;6950;329 36345;2020-08-02;7453;6950;329 36533;2020-08-03;7466;6950;329 36721;2020-08-04;7483;6950;331 36909;2020-08-05;7512;6980;331 37097;2020-08-06;7532;6980;331 37285;2020-08-07;7554;6980;331

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