2. 2. over-simplistic simulation of covid 19 finland epidemy effects
4. 29.6.2021 0000.0001
6. Diagrams about the COVID-19 pandemic in Finland

import math as math import numpy as np import scipy as sp import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd

import matplotlib.dates as mdates from matplotlib.ticker import NullFormatter from matplotlib.dates import MonthLocator, DateFormatter

alkupaivamaara='2021-06-29' ## simulaation alkupvm

aikamaara=90 tapauksia_alussa=110 sairaalassa_alussa=29 teholla_alussa=5 kuolleita_yhteensa_alussa=970 tapauksia_yhteensa_alussa=95168 paivittaisia_kuolleita_alussa=1 huippuaika=30 ro_alussa=1.15 laskuro=0.85 tau=5.0

times1 = pd.date_range(alkupaivamaara , periods=aikamaara, freq='D')

1. 1. very basic exponential r0 calculation

def calculate_r0(time1, time2, val1, val2): k=0 td=time2-time1 gr0=math.log(val2/val1) gr=gr0/td if(gr!=0): td= math.log(2.0)/gr else: return(1)

tau=5.0

k=math.log(2.0)/td

r0=math.exp(k*tau) if(r0==32): r0=1

if(r0>32): r0=4

return(r0)

1. exp(gr0)=val2/val1

1. maara=60

maara=aikamaara

1. quit(0)

x=np.linspace(0,maara,maara) y=np.linspace(0,maara,maara) dy=np.linspace(0,maara,maara) cy=np.linspace(0,maara,maara) ppy=np.linspace(0,maara,maara) pky=np.linspace(0,maara,maara) psy=np.linspace(0,maara,maara) pty=np.linspace(0,maara,maara) py=np.linspace(0,maara,maara) ky=np.linspace(0,maara,maara) sy=np.linspace(0,maara,maara) ty=np.linspace(0,maara,maara) ssy=np.linspace(0,maara,maara) tty=np.linspace(0,maara,maara)

for n in range(0, aikamaara): ssy[n]=0 sy[n]=0 psy[n]=0 ky[n]=0 pky[n]=0 tty[n]=0 ty[n]=0 pty[n]=0

tapauksia=tapauksia_alussa

ro=ro_alussa

saku=sairaalassa_alussa/tapauksia_alussa teku=teholla_alussa/tapauksia_alussa kuku=paivittaisia_kuolleita_alussa/tapauksia_alussa

tapauksiayhteensa=[] kuolleitayhteensa=[]

ax = plt.gca()

fig = plt.gcf() fig.set_size_inches(12, 8, forward=True)

kuolleita_yhteensa=kuolleita_yhteensa_alussa tapauksia_yhteensa=tapauksia_yhteensa_alussa

ro=ro_alussa tapauksia=tapauksia_alussa

for n in range(0, aikamaara): dndt=tapauksia*(math.log(ro)/tau) tapauksia=tapauksia+dndt #print(n,int(tapauksia), int(dndt), ro) if(n>huippuaika): ro=laskuro dy[n]=dndt y[n]=tapauksia cy[n]=tapauksia if (n>9): cy[n]=cy[n-1]+tapauksia pky[n]=0 ky[n]=tapauksia*kuku sy[n]=tapauksia*saku ty[n]=tapauksia*teku kuolleita_yhteensa=kuolleita_yhteensa+ky[n] tapauksia_yhteensa=tapauksia_yhteensa+int(tapauksia)

print("Kuolleita yhteensä",kuolleita_yhteensa) print("Tapauksia yhteensä",tapauksia_yhteensa)

plt.plot(times1,y, "g--", label="Päivittäisiä tapauksia") plt.plot(times1,sy,color="orange", label="Sairaalassa") plt.plot(times1,ty, color="red",label="Teholla") plt.plot(times1,ky, color="black", label="Päivittäisiä kuolleita")

laapeli1="Tartuntoja alussa "+str(tapauksia_alussa) + ". Nousuaika "+ str(huippuaika)+ ". R alussa "+str(ro_alussa) + " , R laskussa "+str(laskuro) laapeli2="Todettuja tartuntoja lopussa "+str(tapauksia_yhteensa)+", kuolleita lopussa "+str(int(kuolleita_yhteensa))

plt.title("Korona-ennuste (karkein oletuksin)", fontsize=20) plt.suptitle(laapeli1, fontsize=14,y=1) plt.figtext(0.5, 0.5, laapeli2, ha="center", fontsize=13, bbox={"facecolor":"orange", "alpha":0.5, "pad":5})

plt.xlabel("Päivämäärä ", fontsize=16) plt.ylabel("Tapauksia päivässä", fontsize=16) plt.xticks(fontsize=15 ) plt.yticks(fontsize=15 ) ax.xaxis.set_major_formatter(mdates.DateFormatter('%d.%m.'))

plt.legend(fontsize=14) plt.show()