Wer die Bezeichnung Muskelkirche erfand, ist unbekannt. Zum ersten Mal verwendet wurde der Bergriff am 2. November 1928 in der Jenaischen Zeitung als Überschrift über ein Gedicht:

„Die Muskelkirche“ Über den Wipfeln des Paradieses ist Ruh. Und über die Schützenbrücke kommst Du Und blickst nach rechts Es erfasst Dich Grausen, Denn zum Himmel Sausen Im Hintergrunde Zwiebelrunde, Eckig verbogene; Architektonisch verlogene, Neckisch sich duckende, Seitlich sich ruckende, Sowjethelmen gleichende, Konturen erweichende, Perspektive ertötende, Vor Scham selbst errötende Linien eines Neubaus. Ihr kennt ihn alle Die Landesturnhalle!

Dieses Gedicht war Höhepunkt einer ganzen Diskussionsreihe in den Medien aber auch auf Tagungen und Beratungen, bei denen immer wieder der Baustil der Landesturnanstalt in Jena kritisiert wurde. Bereits vor Baubeginn, nach Bekanntgabe der Baupläne hieß es in einem Zeitungsartikel: „Was die äußere Gestaltung des Turnhallenbaus betrifft,[...], scheint er uns sehr verbesserungsbedürftig. Er lässt jede neue Idee vermissen und es wäre schon jetzt als äußerst bedauerlich zu bezeichnen, wenn dieser Entwurf zur Verwirklichung käme.“ Wie kam es zu dieser äußeren Form? Der Regierungsbaurat Jakob Schrammen war 1912 von Berlin zum Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach fast strafversetzt worden, da es auf seinen Baustellen in Preußen immer wieder zu Auseinandersetzungen mit Baufirmen gekommen war. Vom Baustil war der studierte Architekt in der Klassik verhaftet und wurde zunehmen ein Vertreter des konservativen „Heimatschutz“ Stils. Bereits 1917 beschäftigte er sich im Auftrage der großherzoglichen Regierung mit Plänen für den Ausbau der Universitätssportplätze in der Oberaue an. Darin vorgesehen waren eine 400 m Laufbahn, ein Fußballplatz, zwei Faustballplätze, je drei Fußball- und Faustballübungsplätze, Einrichtungen für Turnübungen und Wehrturnen, und einer Turnhalle. Teile der damaligen Entwürfe fanden sich in den Plänen wieder, die Schrammen 1926 vorlegte, als er den Auftrag zur Projektierung einer Universitätsturnhalle mit Landesturnanstalt erhielt. Der erste Entwurf enthielt drei separate Baukörper für zwei Turnhallen, einen Raum für Gymnastik, Umkleide-, Wasch-, Bade-, Verwaltungs-, Untersuchungs-, Lehr-, Verpflegungs- und Internatsräume. Es waren Kostengründe, die dafür sorgten, dass die einzelnen Baukörper zusammenrückten und letztendlich einen schlossähnlichen Charakter erhielten. Begründet wurde die Bauform damit dass sie: „[...] allen künstlerischen an ihn zu stellenden Bedingungen gerecht werden wird. So ist der einmal geäußerte Wunsch, dass die Turnhalle nicht das Aussehen einer Kaserne oder einer Reithalle haben dürfe, sondern den Übenden in ihrer Schönheit entgegentreten soll, glücklich erfüllt.“ Der häufig geäußerte Verdacht, dass Schrammen Bezüge zur Thüringer Schlossarchitektur, in diesem Fall zum Schloss Belvedere bei Weimar hergestellt habe, ist also nicht ganz stichhaltig. Auf jeden Fall gab es schon vor der Fertigstellung eine öffentliche Diskussionen darüber, dass die äußere Form und die innere teilweise verwinkelte Raumorganisation sehr weit von dem Ende der zwanziger Jahre, zu einer Zeit als das Bauhaus für die Moderne stand, bereits von den üblichen Standards für Schul- und Sportbauten abwich. Das beweisen die Süd-Schule an der Tatzendpromenade in Jena, die ebenfalls zu dieser Zeit gebaut wurde sowie das heutige Friedrich-Schiller-Gymnasium in Weimar. Neben der Muskelkirche zeichnete Jakob Schrammen in Jena auch für den Bau der HNO-Klinik am Steiger verantwortlich, wofür er ebenfalls auf Grund der Architektur kritisiert wurde.