2. 2. covid 19 finland epidemy R0 and time to peak simu test
3. 8.3.2021 0000.0002xDiagrams about the COVID-19 pandemic in Finland

import math as math import numpy as np import scipy as sp import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd

import matplotlib.dates as mdates from matplotlib.ticker import NullFormatter from matplotlib.dates import MonthLocator, DateFormatter

alkupaivamaara='2021-03-05' ## simulaation alkupvm

aikamaara=46 tapauksia_alussa=750

times1 = pd.date_range(alkupaivamaara , periods=aikamaara, freq='D')

1. 1. very basic exponential r0 calculation

def calculate_r0(time1, time2, val1, val2): k=0 td=time2-time1 gr0=math.log(val2/val1) gr=gr0/td if(gr!=0): td= math.log(2.0)/gr else: return(1)

tau=5.0

k=math.log(2.0)/td

r0=math.exp(k*tau) if(r0==32): r0=1

if(r0>32): r0=4

return(r0)

1. exp(gr0)=val2/val1

1. maara=60

maara=aikamaara

1. quit(0)

x=np.linspace(0,maara,maara) y=np.linspace(0,maara,maara) dy=np.linspace(0,maara,maara) cy=np.linspace(0,maara,maara) ppy=np.linspace(0,maara,maara) pky=np.linspace(0,maara,maara) psy=np.linspace(0,maara,maara) pty=np.linspace(0,maara,maara) py=np.linspace(0,maara,maara) ky=np.linspace(0,maara,maara) sy=np.linspace(0,maara,maara) ty=np.linspace(0,maara,maara) ssy=np.linspace(0,maara,maara) tty=np.linspace(0,maara,maara)

for n in range(0, aikamaara): ssy[n]=0 sy[n]=0 psy[n]=0 ky[n]=0 pky[n]=0 tty[n]=0 ty[n]=0 pty[n]=0

1. tapauksia=1
2. huippuaika=40
3. ro=2.0
4. laskuro=0.8

tapauksia=tapauksia_alussa

huippuaika=30 ro_alussa=1.35

ro=ro_alussa

1. laskuro=ro

laskuro=0.9

tau=5.0

tapauksiayhteensa=[]

ax = plt.gca()

fig = plt.gcf() fig.set_size_inches(11, 7, forward=True)

for m in range(0, 3): ro_alussa=1.15+0.1*m ro=ro_alussa tapauksia=750

for n in range(0, aikamaara): dndt=tapauksia*(math.log(ro)/tau) tapauksia=tapauksia+dndt #print(n,int(tapauksia), int(dndt), ro) if(n>huippuaika): ro=laskuro dy[n]=dndt y[n]=tapauksia cy[n]=tapauksia if (n>9): cy[n]=cy[n-1]+tapauksia pky[n]=0 ky[n]=0

paivays1=times1[n].strftime("%d.%m.") jono1="R "+str(round(ro_alussa,3))+ " Tartuntoja "+paivays1 +" : "+str(int(y[n])) + " tartuntoja yht. "+str(int(cy[n-1]) ) tapauksiayhteensa.append(int(cy[n-1])) plt.plot(times1,y, label=jono1)

1. plt.plot(x,dy)
2. plt.plot(x,y)

laapeli1="Tartuntoja alussa "+str(tapauksia_alussa) + " Nousuaika "+ str(huippuaika) + " lasku-R "+str(laskuro)

plt.title("R-luvun vaikutus tartuntojen kasvuun", fontsize=20) plt.suptitle(laapeli1, fontsize=14,y=1)

plt.xlabel("Päivämäärä ", fontsize=16) plt.ylabel("Tartuntoja päivässä", fontsize=16) plt.xticks(fontsize=15 ) plt.yticks(fontsize=15 ) ax.xaxis.set_major_formatter(mdates.DateFormatter('%d.%m.'))

plt.legend(fontsize=14) plt.show()