1. 3. Download Covid-19 data from Finnish Wikipedia
   5. "R" script
   6. New cases, new deaths, ward, icu, active cases ...
      1. plot ward, icu, daily deaths
   8. draft version 0003.0001
2. 01.01.2021

2. install.packages("rvest")
3. install.packages("readtext")
4. install.packages("stringi")
5. install.packages("datamart")
6. install.packages("XML")
7. install.packages("svglite")
8. install.packages("ggplot2")
9. install.packages("tidyr")
10. install.packages("stringr")
11. install.packages("stringi")
12. install.packages("tibble")

library(rvest) library(readtext) library(stringi) library(datamart) library(XML) library(ggplot2) library(tidyr) library(stringr) library(stringi) library(tibble)

1. 1. NOTE date limits change this

1. datelimits1=c('1/3/2020', '9/11/2020')
   1. display date limits

beginday1='1/10/2020'

today=Sys.Date() yesterday=today-1

rajapaiva=yesterday

1. print(today)
2. print (yesterday)

1. stop(-1)

1. today1=format(today, "%d/%m/%Y")
2. today2=format(today, "%Y/%m/%d")

rajapaiva1=format(rajapaiva, "%d/%m/%Y") rajapaiva2=format(rajapaiva, "%Y/%m/%d")

1. print(today1)
2. print(today2)

1. stop(-1)

1. datelimits1=c(beginday1, today1)

datelimits1=c(beginday1, rajapaiva1)

1. 1. dates of dataset

paivat1=seq(as.Date("2020/4/1"), as.Date(rajapaiva2), "days")

plottaa=1 ## must be 1

1. 1. 1 : ward, icu 2 : ward, active infections
   2. 3 ward, icu, deaths

tulosta_svg=2 # plot to out svg 0, 1 of 2

1. 1. smooth curves pars
2. spanni=0.2

spanni=0.2 metodi="loess"

filename1="./koronan_takia_sairaalassa_ja_teholla_1.svg"

url1="https://fi.wikipedia.org/wiki/Suomen_koronaviruspandemian_aikajana" destfile1="./ward0.txt"

download.file(url1, destfile1) texti000<-readtext(destfile1) texti0<-texti000$text

etsittava1="1. huhtikuuta 2020 alkaen" len1=nchar(texti0) k1=regexpr(pattern=etsittava1, texti0) k1b=len1-k1 texti1=strtail(texti0,k1b) sink("out1.txt") print (texti1) sink()

k2=regexpr(pattern=etsittava2, texti1) texti2=strhead(texti1,k2)

sample1<-minimal_html(texti2) tabu1 <- html_table(sample1, fill=TRUE)1 colnames(tabu1) <- c("V1","V2", "V3","V4", "V5","V6", "V7","V8" )

1. print(tabu1)

sairaalassa00<-tabu1$V4 sairaalassa=as.integer(sairaalassa00)

teholla00<-tabu1$V5 teholla=as.integer(teholla00)

uusiatapauksia00<-tabu1$V3 uusiatapauksia0<-gsub(" ", "", uusiatapauksia00) uusia_tapauksia=as.integer(uusiatapauksia0)

uusiakuolleita00<-tabu1$V7 uusiakuolleita1=as.integer(uusiakuolleita00)

uusiakuolleita2<-uusiakuolleita1 uusiakuolleita2[uusiakuolleita2<0]<-0 uusia_kuolleita<-uusiakuolleita2

toipuneita00<-tabu1$V8 toipuneita01<-gsub(" ", "", toipuneita00) toipuneita0<-gsub("[^0-9.-]", "", toipuneita01) toipuneita=as.integer(toipuneita0)

tapauksia00<-tabu1$V2 tapauksia01<-gsub(" ", "", tapauksia00) tapauksia0<-gsub("[^0-9.-]", "", tapauksia01)

tapauksia=as.integer(tapauksia0)

kuolleita00<-tabu1$V6 kuolleita=as.integer(kuolleita00)

aktiivisia_tapauksia=tapauksia-kuolleita-toipuneita

1. print (paivat1)
2. print (teholla)
3. print (sairaalassa)
4. print (tapauksia)
5. print (kuolleita)
6. print (toipuneita)
7. print (uusia_tapauksia)
8. print (uusia_kuolleita)
9. plot(paivat1,aktiivisia_tapauksia)

xy<-data.frame(paivat1, sairaalassa) xyz<-data.frame(paivat1, sairaalassa, teholla) dfout1<-data.frame(paivat1, aktiivisia_tapauksia, uusia_tapauksia, sairaalassa, teholla, uusia_kuolleita )

names(dfout1)<-c("Pvm", "Aktiivisia_tapauksia","Uusia_tapauksia", "Sairaalassa", "Teholla", "Uusia_kuolleita")

write.csv2(dfout1, "./sairaalassa.csv",row.names=FALSE )

if(tulosta_svg==2) { svg(filename=filename1, width=14, height=6, pointsize=12) #svg(filename=filename1, width=10, height=6, pointsize=12) #svg(filename=filename1, width=14, height=6, pointsize=12) }

if (plottaa==1) {

print ("Sairaalassa teholla päivittäiset kuolemat")

coeff <- 15

ylim.prim <- c(0, 100) ylim.sec <- c(0, 10)

b <- diff(ylim.prim)/diff(ylim.sec) a <- b*(ylim.prim[1] - ylim.sec[1])

#stop(-1)

dfm<-data.frame(paivat1, uusia_tapauksia, sairaalassa, teholla, uusia_kuolleita, aktiivisia_tapauksia)

#dfm2<-data.frame(paivat1, uusia_tapauksia, sairaalassa, teholla)

# ggplot(dfm, aes(x=paivat1), color="Potilaita", fill="Potilaita") + # geom_line(aes(y=sairaalassa, color="Sairaalassa"), size=2)+ # geom_line(aes(y=teholla, color="Teholla"), size=2)+ # geom_col( aes(y=uusia_kuolleita, color="Uusia kuolleita"), size=2)+ # scale_color_manual(name="Potilaita",breaks = c("Sairaalassa", "Teholla", "Uusia kuolleita"), # values=c("orange","red", "black") )

 	ggplot(dfm, aes(x=paivat1), color="Potilaita", fill="Potilaita") +
 	xlim(as.Date(datelimits1, format="%d/%m/%Y") )+
   theme_light()+
 	geom_col(aes(y= a + uusia_kuolleita*b, color="Uusia kuolleita"), fill="black",size=2)+

geom_line(aes(y=sairaalassa, color="Sairaalassa"),fill="white", size=2)+ geom_line(aes(y=teholla, color="Teholla"), fill="white",size=2)+ scale_y_continuous("Sairaalassa/teholla", sec.axis = sec_axis(~ (. - a)/b, name = "Kuolleita/pv")) +

scale_color_manual(name="Potilaita",breaks = c("Sairaalassa", "Teholla", "Uusia kuolleita"),

                       values=c("orange","red", "black") ) +
  	#scale_fill_manual(name="Potilaita",breaks = c("Sairaalassa", "Teholla", "Uusia kuolleita"),
   #                    values=c("orange","red", "black") ) +                     
                       
   ggtitle("Koronan takia sairaalassa - 2020/2021") +

xlab("Kuukausi") +

   theme(axis.line.y.right = element_line(color = "black"), 

axis.ticks.y.right = element_line(color = "black"), axis.text.y.right = element_text(color = "black"), axis.title.y.right = element_text(color = "black")

       ) +
    
    		theme(axis.line.y.left = element_line(color = "darkred"), 

axis.ticks.y.left = element_line(color = "darkred"), axis.text.y.left = element_text(color = "darkred"), axis.title.y.left = element_text(color = "darkred")

       ) +
       
       theme(title=element_text(size=18, face="bold"), 

axis.text=element_text(size=18,face="bold"), axis.title=element_text(size=18,face="bold"), legend.title=element_text(size=18, face="bold"), legend.text=element_text(size=18, face="bold") )

}

if(tulosta_svg==2) { dev.off() print("Ggplot svg done.") }