A bula do Papa Nicolau IV, datada de 9 de agosto de 1290, reconheceu o Estudo Geral, com as faculdades de Artes, Direito Canônico, Direito Civil e Medicina, reservando-se a Teologia aos conventos Dominicanos e Franciscanos. A universidade, inicialmente instalada na zona do atual Largo do Carmo, em Lisboa, foi transferida para Coimbra, para o Paço Real da Alcáçova, em 1308. Voltou em 1338 para Lisboa, onde permaneceu até 1354, ano em que regressou para Coimbra. Ficou nesta cidade até 1377 e voltou de novo para Lisboa neste ano. Permaneceu em Lisboa até 1537, data em que foi transferida definitivamente para Coimbra, por ordem de D. João III. Sete anos mais tarde todas as suas Faculdades se instalam no histórico Paço Real da Alcáçova. Data de 1597 a aquisição (a Dom Filipe I), pela Universidade de Coimbra, do Paço da Alcáçova, que a partir daí passou a designar-se Paço das Escolas (o centro histórico da Universidade). A universidade recebeu os seus primeiros estatutos em 1309, com o nome Charta magna privilegiorum. Os segundos estatutos foram outorgados no ano de 1431, durante o reinado de D. João I, com disposições sobre a frequência, exames, graus, propinas e ainda sobre o traje acadêmico. Já no reinado de D. Manuel I, em 1503, a Universidade recebeu os seus terceiros estatutos, desta vez com considerações sobre o reitor, disciplinas, salários dos mestres, provas acadêmicas e cerimônia do ato solene de doutoramento. Desde o reinado de D. Manuel I, todos os Reis de Portugal passaram a ter o título de «Protetores» da Universidade, podendo nomear os professores e emitir estatutos. O poder real, bastante mais centralizado a partir de D. João II, criava uma dependência da universidade em relação ao Estado e à política, pelo que a preponderância dos estudos jurídicos se estabeleceu em Portugal.

A 27 de Dezembro de 1559, no reinado de D. Sebastião, Baltazar de Faria fez a entrega dos Quartos Estatutos, nos quais se determinou que o reitor fosse eleito pelo Claustro, disposição essa nem sempre foi cumprida pelo poder régio. Nesse mesmo ano, a 1 de Novembro, tinha sido solenemente aberta a Universidade de Évora, entregue aos jesuítas. Em 1591, de Madrid, vieram os Sextos Estatutos (os quintos foram deixados de lado, nunca tendo entrado em vigor) e foram apresentados em Claustro no ano seguinte. Determinava-se que a Universidade indicasse três nomes para o cargo reitoral, escolhendo o rei um deles.

Estátua de D. Dinis em frente à Faculdade de Medicina. No reinado de D. João V, João Frederico Ludovice terá feito o risco para a Torre da Universidade de Coimbra e portal da Biblioteca . Xavier da Costa ao citar os monumentos da era joanina, falando da Biblioteca (1716-1725), e da Torre (1728-1733), diz que não será injustificado atribuírem-se os seus projetos a Ludovice. Aludindo o parentesco que encontramos entre o Pórtico da mesma Biblioteca e o Portal da Capela Octogonal do Senhor das Barrocas em Aveiro. As mísulas laterais em que se apoiam os arcos, as colunas jônicas, os frisos têm um ar de parentesco nos dois pórticos, muito diferentes, porem no coroamento, pois o de Aveiro, com os seus frontões, um entrecortado outro partido, reúne uma decoração escultórica que prova grande influencia dos artistas entalhadores e dos lavrantes da pedra e ourivesaria. Não será despropositado lembrar também o nome ou a influência de Ludovice, ao citar a porta do Antigo colégio de São Jerônimo, em Coimbra, de frontão muito ondulado e partido, apoiado sobre “ gaines” - uma espécie de scabellum ou de pedestais esguios que substituem as colunas - esteios que Borromini já empregara e que o arquiteto de Mafra também aplicou na janela central do segundo andar do seu palácio de Lisboa em S.Pedro de Alcântara, concluído em 1747. A Torre da Universidade de Coimbra, tem 33,5 metros de altura, constitui o emblema tradicional de Coimbra. Começou a construir-se em 1728 e foi terminada em 1733. No topo sobre o relógio, abre-se um miradouro do qual se desfruta uma panorâmica esplendorosa da cidade e do vale do Mondego . Nesta Torre está colocada, entre outros sinos, a célebre « cabra », que marcava as horas do despertar e do recolher dos estudantes. No reinado de D. José I, a Universidade sofreu uma profunda alteração. Em 28 de Junho de 1772 o rei ratifica os novos estatutos (Estatutos Pombalinos), que marcam o início da Reforma. Esta manifestava, sobretudo, um grande interesse pelas ciências da natureza e pelas ciências do rigor, que tão afastadas se encontravam do ensino universitário. É igualmente passado u alvará, a 28 de Agosto, extinguindo a Mesa da Fazenda da Universidade de Coimbra criando, em sua substituição uma Junta de Administração e Arrecadação com cofre, tesoureiro, contadoria e executória. Em 1836 dá-se a fusão da Faculdade de Cânones e de Leis na Faculdade de Direito, e que veio a contribuir fortemente para a construção do novo aparelho legal liberalista. Em 1911, a Universidade recebe novos estatutos com o objetivo de criar uma certa autonomia administrativa e financeira e criava também um sistema de bolsas para fazer aumentar o número de alunos no ensino superior. Foi criada a Faculdade de Letras, que herdou as instalações da extinta Faculdade de Teologia, enquanto as Faculdades de Matemática e de Filosofia (criadas na Reforma Pombalina) eram convertidas na Faculdade de Ciências. A 10 de Agosto de 1940 recebeu a Grã-Cruz da Ordem Militar de Sant'Iago da Espada. Mas a maior alteração na história recente da Universidade dá-se a partir de 1942, quando grande parte da zona residencial da Alta de Coimbra foi demolida para dar lugar ao complexo monumental da moderna Universidade, até então alojada no antigo paço real com alguns elementos dispersos pela cidade. Esta obra de vulto, a cargo dos arquitetos Cottinelli Telmo e Luís Cristino da Silva seria concluída em 1969. Com o 25 de Abril de 1974 inicia-se um novo período da vida portuguesa e universitária, que foi alvo de várias reformas para acompanhar a nova dinâmico política. Em 1989 são publicados os estatutos que estão atualmente em vigor. Durante os seus mais de sete séculos de existência, a Universidade, hoje uma instituição de referência, foi crescendo, primeiro por toda a Alta de Coimbra e depois um pouco por toda a cidade, encontrando-se atualmente ligada a gestação de ciência e tecnologia e à difusão de cultura portuguesa no mundo.