###################################
##
## thl finland weekly covid cases
## r script, thl api 12/2020
##
## 13.4.2022 v 0000.0003
##
##
##

#install.packages("ggplot2", "rjstat", repos ="https://ftp.acc.umu.se/mirror/CRAN/")
	
	
		
	
library(rjstat)
library(ggplot2)



nth_element <- function(vector, starting_position, n) { 
  vector[seq(starting_position, length(vector), n)] 
  }

## HUOMAA ERI VUOSIEN VIIKKONUMEROT!

viikko1<-1 # vuoden 2020 viikko
viikko2<-52+13 ## vuoden 2021 viikko

tulosta_svg=1
 
peruspolku="/Users/himot/akor1/"
ulosnimi="viikottaiset_koronatapaukset_2020.svg"
polkunimi=paste0(peruspolku, ulosnimi)
 
 
spanni=0.1 ## silitetyn käyrän vakio 1 sileä 0.1 mutkalla
metodi="loess" ## silitetyn käyrän laskutapa   
   
viikkokanta=53 # vuosi 2020
viikko2=viikko2+viikkokanta 
 
      
url_base <- "https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/covid19case/fact_epirapo_covid19case.json"
request <- "?column=dateweek20200101-509030"
## kuolemat
#request <- "?column=dateweek20200101-509030&filter=measure-492118"
url <- paste0(url_base, request)
cube <- fromJSONstat(url, naming = "label", use_factors = F, silent = T)
res00 <- cube[[1]]

head(res00, 20)

viikot <- viikko1:viikko2
 
viikkonimet<-res00[viikko1:viikko2,1]

viikkonimet2=viikot

#viikkonimet

len1=length(viikkonimet)

#len1


for (n in 1:len1) {
	viini<-n
	if (viini>53) {
		viini2=viini-53
		viikkonimet2[n]<-viini-53
		if (viini2>53) {
		viikkonimet2[n]<-viini2-53
		}
		
    }
}



lukumaarat<-as.integer(res00[viikko1:viikko2,2])
 
lukumaarat[is.na(lukumaarat)] <- 0 

# print (lukumaarat)
 
 viikkonimet2
 lukumaarat
 
 #viikkojono
  viikkonimet3<-as.character(viikkonimet2)


   print (viikkonimet3)
#  stop(-1)
  
   viikot4=nth_element(viikot,1,10)
   nimet4=nth_element(viikkonimet3,1,10)

  df1<-data.frame(viikot, lukumaarat) 
  df2<-data.frame(viikkonimet2, lukumaarat)  
  df3<-data.frame(viikot,viikkonimet3, lukumaarat) 
  
  
  
  head(df3)
 
 if(tulosta_svg==1)
{
	
	svg(filename=ulosnimi, width=10, height=6, pointsize=24)

}

 
  
p<-ggplot(data=df3, aes(x=viikot, y=lukumaarat)) +
 geom_bar(stat="identity",fill="blue")+
 scale_x_continuous(breaks=viikot4 , labels=nimet4 )+


ggtitle("Viikottaiset koronavirustapaukset Suomessa v. 2020 - 2022") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 1.5))+
  xlab("Viikko 2020-2022") + ylab("Koronatapauksia viikossa")+
  geom_bar(stat="identity",fill="blue")+
  theme_minimal()+
  theme(text = element_text(size=20),
		axis.text.x = element_text(color = "grey20", size = 18, hjust = .5, vjust = .5, face = "plain"),
        axis.text.y = element_text(color = "grey20", size = 18,  hjust = 1, vjust = 0, face = "plain"),  
        axis.title.x = element_text(color = "grey20", size = 20, hjust = .5, vjust = 0, face = "plain"),
        axis.title.y = element_text(color = "grey20", size = 20,  hjust = .5, vjust = .5, face = "plain"))
        
 # geom_smooth(color="#5f005f", fill="#00ff00",span=spanni, method=metodi, level=0.99, size=6, linetype="solid")

  
  
  plot(p)
   
 if(tulosta_svg==1)
 {
  dev.off()
 }


 names(df2)<-c("viikko", "tapauksia")
 write.csv2(df2, "./weekly1.csv")
  
 #write.csv2(df2, "/Users/himot/akor1/weekly1.csv")
 
  print("Run done.")