Sjaifuddin Thahir dilahirkan pada tanggal 23 Agustus 1963 di kota pahlawan Surabaya, kotanya Arek-arek Soeroboyo, tepatnya di sebuah rumah perkampungan asli surabaya Jl. Maspati gang IV No.32 Surabaya. Ayahnya bernama Muhammad Thahir bin Kyai Muhammad Thayyib dan ibunya bernama Hj. Makheyyah binti Mustajab. Ayahnya hidup dalam lingkungan kehidupan santri di Ampel dan Nyamplungan Surabaya Utara, dimana disana terdapat makam Raden Rakhmat atau yang dikenal dengan sunan Ampel. Ibunya hidup sebagai warga asli Surabaya di Jl. Maspati Gang IV No.32 Surabaya. Mustajab adalah tokoh perjuangan zaman belanda di Surabaya tempo dulu.

Tempat kelahirannya di RS. Mardi Santoso di Jl. Boeboetan Soerabaya, Rumah Sakit milik pemerintah negara Belanda.